En su primera temporada como filial sevillista (58-59) logra el 4.º puesto con 36 puntos, acerándose así al objetivo que tenían pensado los directivos sevillistas, camisetas del real madrid que era llegar a la Segunda División. Rápidamente cosecharon sucesivos éxitos deportivos, como el subcampeonato de la Primera Categoría Local en la temporada 51-52 que le permitió ascender a la Primera Categoría bajo la presidencia de Joaquín Ortiz Ruiz, llegando a ascender a la Tercera División en la temporada 54-55. Allí permanece en los siguientes años, llegando a rozar el ascenso a la Segunda División en la temporada 55-56, pero a pesar de ello el club no contaba con el apoyo suficiente del público, lo que hizo que los altos cargos se planteasen adherirse al Sevilla Fútbol Club, debido a la gran relación tanto institucional como deportiva que tenían ambos clubes.
