Durante tres años no se disputó ni la Liga ni la Copa, y solo permanecieron activas algunas competiciones regionales de ambos bandos. El 31 de mayo de 2016, es presentado como director de desarrollo deportivo José Luis Real y se presenta un nuevo proyecto como director técnico, encabezado por una Leyenda e ídolo de la institución Hernán Cristante, que llegaría con otro referente del club como es Enrique Alfaro junto con Joaquín Velázquez como sus auxiliares técnicos, durante el proceso llega a la institución un icono del fútbol de México y ídolo, leyenda de la institución, ex Seleccionado Nacional y Mundialista Antonio Naelson «Sinha» con la finalidad de terminar su exitosa carrera dentro del club, después en el Draft del fútbol mexicano se consigue traer a préstamo al guardameta Luis García como único refuerzo del mercado mexicano, con una base sólida dentro del club tras las bajas de Richard Ortiz, Christian Cueva, Heriberto Vidales y Lucas Lobos por fin de contrato, y se sumaron a las bajas Liborio Sánchez, Christian Pérez, Mario Quezada, Nicolás Saucedo y Omar Arellano que finalizaban su préstamo, otras bajas más fueron Daniel González y Héctor Acosta quienes estaban prestados a Chiapas y Alebrijes en ese mismo orden, no fueron incorporados al equipo actual y se renovaron sus préstamos a otros equipos Chivas y Venados respectivamente, mientras el equipo se encontraba en pretemporada se sumó al cuerpo técnico David Rangel que logrará como jugador de la institución ser capitán y campeón en los años 98′ 99′ y 2000 con Enrique Alfaro y con Hernán Cristante en los años 1999 y 2000, mientras que en el año 2005 igualmente logró el título con Sinha.
Pero en esa última jornada se produjo otro parón más a causa de un contagio de COVID-19 en el Deportivo-Fuenlabrada que alargó la temporada un mes más. Es por ello que en muchas ocasiones, únicamente una evolución en el escudo, el cambio de patrocinador, camiseta real madrid o los colores de las medias o shorts fuesen los cambios más significativos de una temporada a otra. La mazmorra en la que les encerraron estaba en muy malas condiciones, atestada de prisioneros, pero el timonel de la pinaza, Samuel Evans, consiguió una celda mejor pagando a los guardias siete petacks portugueses, nueva camiseta real madrid equivalente a 7 chelines ingleses.
